Ο Νομός Σερρών διαθέτει πλούσια πανίδα.

Στα ορεινά του νομού συναντά κανείς μεγάλα θηλαστικά όπως αγριογούρουνα, ζαρκάδια, λαγούς, αρκούδες, λύκους, ασβούς, αλέπες, βίδρες και αγριόγατες. Πλούσια είναι και η ορνιθοπανίδα του νομού με κυριότερα είδη την ορεινή και πεδινή πέρδικα, φάσσες, φασοπερίστερα, τρυγόνια, αγριόκοτες, κοτσύφια, χαλκοκουρούνες, μελισσοφάγους, τσαλαπετεινούς, ακόμη και αγριόπαπιες και άλλα υδρόβια. Φιλοξενεί ακόμη και εποχιακούς επισκέπτες, μαζί με τα όρνια (γυμνόλαιμοι γύπες)-ελάχιστα στον αριθμό- που ακολουθούν μια και γνωστή δαιδρομή, όπως επίσης και το βασιλαετό στα Κρούσια, οτίδες μεγάλες κ.λπ.

Ειδικότερα στα πεδινά, ορισμένα είδη συγκεντρώνονται στις φυσικές οάσεις που ακόμη εξακολουθούν να υπάρχουν. Πεδινές πέρδικες συγκεντρώνονται κατά περιόδους σε ημιξηρικά εδάφη (καπνοχώραφα και αμπελώνες), ορτύκια στις καλλιεργούμενες εκτάσεις, μελισσοφάγοι, τσίχλες και τρυγόνια, και σε κάθε οικισμό- μικρό ή μεγάλο-οι κοινωνικά εγκόσμιες δεκαοχτούρες. Πελαργοί εξακολουθούν να κατοικούν σε πολλά καμπαναριά, στέγες και κολώνες της Δ.Ε.Η., που γειτνιάζουν με ορυζοκαλλιέργιες και άλλες υδάτινες δραστηριότητες και εκτάσεις. Από μετρήσεις προέκυψε ότι 823 ζεύγη πελαργών φωλεοποιούν και παραμένουν το θέρος στο νομό Σερρών. Το μεγαλύτερο ποσοστό διαβιώνει στην πεδινή περιοχή και ελάχιστο στις απαρχές των λοφωδών εξάρσεων, μέχρι το υψόμετρο 280μ. Πάνω σε κολώνες της Δ.Ε.Η. κατασκευάζουν τις φωλιές τους το 60% ενώ το υπόλοιπο 40% του πληθυσμού σε άλλα κτίσματα (καμπαναριά, σπίτια κ.λπ.). Τα περισσότερα κατασκευάζουν τις φωλιές τους μέσα σε οικισμό.

Επίσης στην επαρχία Φυλλίδας, όπου διατηρείται ακόμη η παλιά δόμηση των οικισμών και οικιών, τα περισσότερα ζεύγη πελαργών κάνουν τη φωλιά τους πάνω στις στέγες. Το 87% από αυτά αποκτούν νεοσσούς που αναπτύσσονται κανονικά μέχρι τη μετανάστευση τους.

Στους υγροβιότοπους και ειδικά στη λίμνη Κερκίνη έχουν καταμετρηθεί 227 είδη πουλιών. Φωλιάζουν 128 είδη και 119 τη χρησιμοποιούν ως σταθμό στην αποδημία τους. Επίσης 77 είδη διαχειμάζουν εκεί, ενώ 76 είδη αναφέρονται στον Εθνικό Κόκκινο Κατάλογο (Κατάλογο απειλούμενων με εξαφάνιση ειδών). Τουλάχιστον 31 είδη προστατεύονται από την Κοινοτική Οδηγία 79/409 της Ε.Ο.Κ.

Σύμφωνα με άλλες ποσοτικές εκτιμήσεις, οι πληθυσμοί πολλών σημαντικών ειδών, που φώλιαζαν στην Κερκίνη μέχρι το 1981, ήσαν αναμφίβολα οι μεγαλύτεροι στην Ελλάδα. Αλλά στις ημέρες μας, με την κατασκευή του νέου φράγματος και των αναχωμάτων του, οι πλυθησμοί αυτοί έχουν μειωθεί αισθητά. Επίσης, κατά τη μεταβατική αυτή περίοδο παρουσιάστηκε το πρόβλημα της αλαντίασης (βατουλισμός) που έπληξε σημαντικό αριθμό υδροβίων, με συνέπεια σημαντικές απώλειες του πληθυσμού τους.

Εξάλλου με την ανύψωση των αναχωμάτων και την άνοδο της στάθμης της λίμνης κατακλύστηκαν μεγάλες εκτάσεις με φωλιές πουλιών, με αποτέλεσμα να διαταραχθεί ουσιαστικά η ισορροπία του ευρύτερου υγροτοπικού συστήματος της Κερκίνης. Η αναπαραγόμενη στην Κερκίνη υδρόβια ορνιθοπανίδα αλλά και αυτή που μόνο φωλιάζει εκεί που ο πληθυσμός της-όπως διαπιστώνεται-είναι αρκετά μεγάλος οφείλουν πολλά στην μειωμένη γενικά ανθρώπινη δραστηριότητα που παρατηρείται στον πρωτογενή, δευτορογενή και τριτογενή τομέα της περιοχής της λίμνης.

Δεδομένου ότι οι αβαθείς βαλτότοποι της Κερκίνης κατέχουν την πιο σημαντική θέση ανάμεσα στους λίγους που έχουν απομείνει στους ελληνικούς υγροτόπους και δεδομένου επίσης ότι σ' αυτούς οφείλει την ύπαρξη του ένα μεγάλο μέρος του πληθυσμού των υδρόβιων πουλιών, που χαρακτηρίζονται από μεγάλη εθνική και διεθνή σημασία, η άμεση διατήρηση και προστασία τους αποτελεί επιτακτική υποχρέωση όλων μας. Από τα άλλα θηλαστικά , αξιοσημείωτη είναι η παρουσία του τσακαλιού της περιοχής της λίμνης μόνο, σε ολόκληρο το νομό, η μοναδική σε επιστημονική αξία παρουσία του κοπαδιού βουβαλιών στα αβαθή της λίμης, καθώς και της βίδρας σε όλα τα ορεινά και ημιορεινά ρέματα.

Η ερπετοπανίδα είναι και αυτή αξιόλογη σ' όλο το νομό όπως και η ιχθυοπανίδα. Ο κέφαλος η μπριάνα, τα χέλια, τα γριβάδια, οι γουλιανοί, οι πέστροφες, η κοκκινόφτερα, το γλυνί και άλλα έχουν οικονομική σημασία για τους κατοίκους της περιοχής. Επίσης έχουν δημιουργηθεί πέντε μονάδες εκτροφής πέστροφας και μια μονάδα εκτροφής γριβαδιών και χειλιού. Η συνολική παργωγή τους φθάνει τους 700 τόννους το χρόνο.

Στο νομό Σερρών έχουν ιδρυθεί 25 μεγάλα και μικρά καταφύγια θηραμάτων συμπεριλαμβανομένης και της ελεγχόμενης κυνηγετικής περιοχής, της οποίας το ετήσιο πρόγραμμα κυνηγιού επιτρέπει- ή απαγορεύει με ειδικό τέλος εισόδου και ειδική τιμή για κάθε θήραμα- μια ορθολογικότερη ρύθμιση της θηραματικού της κεφαλαίου. Επίσης η λίμνη της Κερκίνης εξακολουθεί να λειτουργρεί ως ετήσιο ή διετές καταφύγιο για όλα τα υδρόβια και μη θηράματα της.