Χαρακτηριστικό είδος της λίμνης Κερκίνης, είναι ο αργυροπελεκάνος, ένα από τα μεγαλύτερα υδρόβια ψαροφάγα πουλιά. Οι αργυροπελεκάνοι, καταναλώνουν σημαντική ποσότητα ψαριών, αλλά σε μεγάλο ποσοστό, τρώνε άρρωστα ή και νεκρά ψάρια που τα πιάνουν πολύ εύκολα. Κατά συνέπεια, η παρουσία τους είναι ευνοϊκός παράγοντας για την εξυγίανση του συνόλου του πληθυσμού των ψαριών. Την άνοιξη, φτιάχνουν τις φωλιές τους σε αποικίες, πάνω σε μια "πλατφόρμα" από ξύλα, καλάμια ή λάσπη και συνήθως επιστρέφουν στις ίδιες φωλιές κάθε χρόνο.

Ο αριθμός των αργυροπελεκάνων παγκόσμια, είναι πολύ μικρός, περίπου 900 ζευγάρια, απειλούνται με εξαφάνιση και γι'αυτό είναι απαραίτητη η άμεση προστασία τους. Σήμερα τους συναντά κανείς στην Ελλάδα (περίπου 150 ζευγάρια), στη Ρουμανία, Τουρκία, Ιράν, Ρωσία και Μογγολία.

Η λίμνη Κερκίνη έχει τεράστια σημασία για τους αργυροπελεκάνους, γιατί λόγω της μεγάλης παραγωγικότητας της, μπορεί να χρησιμεύσει σαν τόπος τροφοληψίας, όλο το χρόνο.