α. Φερτά υλικά: Η υδατοχωρητικότητα της λίμνης Κερκίνης είναι περίπου 350.000m3. Κάθε χρόνο 1.000.000m3 φερτών υλικών (άμμος, χαλίκια, λάσπη κλπ.) εναποτίθενται στη λίμνη από τα νερά του Στρυμόνα. Το μεγαλύτερο ποσοστό των φερτών υλικών προέρχεται από το Βουλγαρικό τμήμα του ποταμού, γιατί η φύση των πετρωμάτων συνδυασμένη με την έλλειψη δάσωσης της λεκάνης απορροής, δημιουργούν αύξηση των φερτών υλικών στα νερά του Στρυμόνα και συσσώρευση τους στη λίμνη.

Έτσι μειώνεται η υδατοχωρητικότητα, με συνέπεια, με τα υπάρχοντα έργα στη λίμνη να έχουμε:

• Έλλειψη ικανοποιητικού όγκου νερού για άρδευση και φόβο για πλημμύρες (ανύψωση πυθμένα).
• Καταστροφή των φωλιών λόγω ανύψωσης της στάθμης του νερού, ιδιαίτερα κατά τους μήνες αναπαραγωγής. Λαμβάνοντας υπ'όψιν ότι τα φερτά υλικά συντελούν και στη μείωση του χρονικού ορίου λειτουργίας των τεχνικών έργων, το πρόβλημα των φερτών υλικών πρέπει να αντιμετωπιστεί έγκαιρα μέσα από τις διεθνείς συμβάσεις.

β. Οριοθέτηση του υγροβιότοπου: Η οριοθέτηση που επιβάλλεται να γίνει από διεθνείς συμβάσεις και εθνικούς νόμους, προβλέπει τη δημιουργία Ζωνών Προστασίας και χρήσης στη λίμνη και στην ευρύτερη περιοχή της. Με την οριστικοποίησης της οριοθέτησης, θα έχουμε νομική κάλυψη για την αποφυγή όλων των παραμέτρων που λειτουργούν αρνητικά για τον υγροβιότοπο (π.χ. λαθροαλιεία, κυνήγι, υλοτομία κλπ.).

γ. Ανύψωση της στάθμης του νερού: Οι ανάγκες άρδευσης υποχρεώνουν την Διεύθυνση Εγγείων Βελτιώσεων (Δ.Ε.Β.) να αυξάνει διαρκώς τη στάθμη του νερού κάθε Μάιο, ανοίγοντας όλο και περισσότερο την ψαλλίδα ανάμεσα στο ελάχιστο και μέγιστο ύψος της. Τα αποτελέσματα αυτής της αύξησης είναι:

α) Τα αβαθή και πλέον παραγωγικά μέρη της λίμνης περιορίζονται σε μερικές εκατοντάδες στρέμματα στις βόρειες ακτές της.

β) Οι εκτάσεις με τους καλαμιώνες (τόποι φωλιάσματος πουλιών και καταφύγια ψαριών) εξαφανίζονται, γιατί αυξάνει σημαντικά το βάθος της λίμνης και

γ). Οι νησίδες, τα υγρά λιβάδια και τα λασποτόπια (μοναδικοί τόποι τροφοδοσίας και φωλιασμού των πουλιών και αναπαραγωγής των ψαριών) κατακλύζονται και αυτά από το νερό.

Οι παραπάνω δυσμενείς από οικολογική άποψη συνθήκες, επικρατούν στην πιο κρίσιμη περίοδο (άνοιξη), όταν αντίθετα απαιτούνται συνθήκες ομαλές, ώστε οι αναπαραγωγικές διαδικασίες να ολοκληρωθούν. Επίσης δένδρα βυθίζονται τελείως στο νερό, βουλιάζουν και χάνονται.

Αποτέλεσμα: Μείωση του αναπαραγωγικού δυναμικού όλων των οργανισμών.

δ. Ρύπανση - Μόλυνση: Δεν υπάρχει βιομηχανική δραστηριότητα στην περιοχή. Υπάρχουν όμως κάποιες μικρές μονάδες όπως σφαγεία και βιοτεχνίες δερμάτων, οι οποίες μολύνουν το Στρυμόνα με τα απόβλητα τους και έμμεσα τη λίμνη. Επίσης έχουν βρεθεί αυξημένες συγκεντρώσεις φωσφορικών και αζωτούχων ενώσεων, που φανερώνουν την επίδραση της γεωργικής περιοχής στη λίμνη και δημιουργούν τις προϋποθέσεις για την εμφάνιση του φαινομένου του ευτροφισμού. Η εμφάνιση κάποιες φορές αφρού στην επιφάνεια της λίμνης φανερώνει την αστική επίδραση. Ακόμη στην περιφέρεια της λίμνης υπάρχουν εστίες σκουπιδότοπων, ευτυχώς όχι πολλές, αλλά ίσως αρκετές για να προκαλέσουν κάποια διαταραχή στην ισορροπία του οικοσυστήματος.

Πριν αρκετά χρόνια, σε έρευνα του Εργαστηρίου Οικολογίας και Περιβάλλοντος της Κτηνιατρικής Σχολής του Α.Π.Θ., βρέθηκαν ίχνη ALDRIN (γεωργικό φάρμακο που στην Ελλάδα είχε απαγορευθεί από το 1972) στα νερά του Στρυμόνα, σε χαμηλές όμως τιμές. Από το γεγονός αυτό, η επίδραση της γειτονικής χώρας (Βουλγαρία) στην ποιότητα του νερού και τη ρύπανση του Στρυμόνα, πρέπει να θεωρείται δεδομένη.