Εκτός από τα προβλήματα που προκαλούνται από την έλλειψη συνολικής διαχείρησης του νερού, η Λίμνη Κερκίνη κινδυνεύει να χάσει πολλά από τα γνωρίσματα της εξαιτίας και άλλων απειλών. Κυριότερες θεωρούνται: Ο μεγάλος όγκος των φερτών υλών,που μεταφέρει ο Στρυμόνας, κατακάθεται στη λίμνη προσχώνοντας την με περίπου 1.000.000 κυβικά μέτρα ετησίως, μειώνοντας τη χωρητικότητα της σε νερό και επιδρώντας αρνητικά στις λειτουργίες του υγροτόπου.

Η ρύπανση του Στρυμόνα και της λίμνης δεν είναι ακόμη ιδιαίτερα μεγάλη, αλλά πιθανόν να αποτελέσει μεγάλο πρόβλημα στα επόμενα χρόνια.

Οι αλόγιστες και παράνομες δραστηριότητες απειλούν να μεταβάλουν πολλά από τα δομικά γνωρίσματατου υγροτόπου. Τέτοιες δραστηριότητες είναι οι λαθροϋλοτομίες, η παράνομη αλιεία ιδίως κατά την περίοδο αναπαραγωγής των ψαριών και η χρήση απαγορευμένων αλιευτικών μέσων, το παράνομο κυνήγι, η άναρχη απόθεση σκουπιδιών και μπάζων.

Οι ανεξέλεγκτες επισκέψεις κοντά στις αποικίες πουλιών προκαλούν ενόχληση, με αρνητικές συνέπειες στην βιωσιμότητα των πουλιών (εγκατάλειψη νεοσσών, καταστροφή αβγών κ.λπ.).

Η τελευταία ανύψωση των αναχωμάτων και η κατασκευή μεγαλύτερου φράγματος το 1982, σε συνδυασμό με τους τρόπους αλιείας, είχαν ως αποτέλεσμα να υπάρχει σαφής τάση ελάττωσης των κυριότερων εμπορικών ειδών και αύξησης των μη εμπορεύσιμων ψαριών, γεγονός που απειλεί σοβαρά το επαγγελματικό μέλλον των ψαράδων.