Τα κυριότερα προβλήματα του υγροτόπου, σχετίζονται με τις χρήσεις του νερού. Η προστασία της Λίμνης Κερκίνης εξαρτάται άμεσα από τη συνετή χρήση του νερού, ώστε να διασφαλίζονται στο μέγιστο δυνατό βαθμό όλες οι λειτουργίες και οι αξίες του υγροτόπου. Η μονοδιάστατη θεώρηση της Κερκίνης ως απλού ταμιευτήρα νερού, που υπάρχει μόνο για να ικανοποιεί τις αρδευτικές ανάγκες, είναι ασφαλώς ξεπερασμένη. Το ίδιο ισχύει και για την άποψη της "απόλυτης προστασίας" της λίμνης που δεν λαμβάνει υπόψη τις κοινωνικές και οικονομικές ανάγκες των κατοίκων.

Ανάλογα με την παροχή του ποταμού και το άνοιγμα και κλείσιμο των θυροφραγμών, παρατηρείται ισχυρή αυξομείωση της στάθμης του νερού που φτάνει τα 5,5 μέτρα. Αντίστοιχη είναι και η αυξομείωση της έκτασης της λίμνης που κυμαίνεται από 55.000 εώς 75.000 στρέμματα περίπου. Η στάθμη της λίμνης από τον Ιανουάριο υψώνεται και φθάνει στο μέγιστο ύψος της τον Μάιο, προκειμένου να αποταμιευθούν ικανές ποσότητες νερού για την άρδευση των χωραφιών κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού.

Τα φερτά υλικά, που εξακολουθούν να εισρέουν στη λίμνη, μειώνουν συνεχώς τη χωρητικότητα της. Επιπλέον, η μέτρια κατάσταση των αδρευτικών δικτύων προκαλεί μεγάλες απώλειες νερού. `Ετσι , αν θέλουμε να εξακολουθήσουμε να ικανοποιούμε τις ίδιες ανάγκες άρδευσης, οδηγούμαστε σε συνεχή κατ' έτος άνοδο της στάθμης των νερών. `Ομως, η άνοδος της στάθμης επιδρά αρνητικά στα οικοσυστήματα της λίμνης, περιορίζοντας ή εξαφανίζοντας τις ρηχές περιοχές και τα λασποτόπια, που είναι απαραίτητοι χώροι για τροφοληψία, αναπαραγωγή και φώλιασμα πολλών πουλιών, αμφιβίων και ψαριών. Επίσης η υψηλή στάθμη, όπως είναι φυσικό, προκαλεί σοβαρά προβλήματα στους παραλίμνιους οικισμούς που βρίσκονται χαμηλότερα από την επιφάνεια της λίμνης, αυξάνοντας τον κίνδυνο πλημμύρας από την υπερχείλιση και από την ανύψωση της υπόγειας στάθμης του νερού.

Το πρόβλημα επιτείνεται από το γεγονός ότι το νερό δεν μπορεί να διαφύγει έγκαιρα από τη λίμνη με το άνοιγμα των θυρών του φράγματος, καθώς οι διαστάσεις της κοίτης του Στρυμόνα κάτω από την Κερκίνη μπορούν να δεχθούν μόνο μικρές ποσότητες νερού. Μεγαλύτερες ποσότητες θα επιφέρουν πλημμύρα στις χαμηλότερες από το φράγμα περιοχές (περιοχή Αχινού κ.λ.π.). Η προσπάθεια ώστε η ποσότητα των νερών που εξέρχονται από τη λίμνη να είναι τόση όση μπορεί να παροχετεύσει η υπάρχουσα κοίτη, έχει συνέπεια να παραμένει για κάποια χρονικά διαστήματα μέσα στη λίμνη νερό περισσότερο από το απαιτούμενο για άρδευση. Κατ' επέκταση, η στάθμη της λίμνης ανέρχεται, μερικές φορές πάνω από την ανώτατη στάθμη άρδευσης.

Οι προσπάθειες για εξοικονόμηση νερού με τη συγκράτηση των φερτών υλικών, με την ανακατασκευή, ολοκλήρωση και βελτίωση των αρδευτικών δικτύων, με την ανακύκλωση νερού και με την εφαρμογή νέων τεχνικών άρδευσης (π.χ. καλύτερη ισοπέδωση χωραφιών) θα βελτιώσουν την αρδευτική αποδοτικότητα, χωρίς να υπάρχει ανάγκη για υψηλή στάθμη των νερών της λίμνης. Παράλληλα, με τις σωστές υποδείξεις των αρμόδιων υπηρεσιών, οι αγρότες πρέπει να ενημερωθούν και να ενθαρρυνθούν για τη σωστή χρήση του αρδευτικού νερού. Μέσα από συντονισμένες προσπάθειες διαχείρισης και με τη συνεργασία των αρμόδιων υπηρεσιών και οργανισμών είναι δυνατόν να ικανοποιούνται όλες οι ανάγκες σε νερό και η λίμνη να εξακολουθεί να επιτελεί τον πολλαπλό της ρόλο. Οι σχεδιαζόμενες ενέργειες πρέπει να λαμβάνουν υπόψη και την οικολογική αξία της Κερκίνης. Η επικείμενη ανύψωση των αναχωμάτων είναι πιθανόν να αποβεί καταστροφική για τη λίμνη, καθώς δε διασφαλίζει τη μη άνοδο των νερών μέχρι το ύψος των νέων αναχωμάτων. Ενδεχόμενη άνοδος της στάθμης του νερού θα έχει ως άμεση συνέπεια την καταστροφή του σπάνιου παραποτάμιου δάσους, που αποτελεί το σημαντικότερο τόπο αναπαραγωγής και τροφοληψίας της άγριας πανίδας, ενώ θα συντελέσει στην ουσιαστική υποβάθμιση όλων των γνωρισμάτων που κάνουν σήμερα την Κερκίνη να ξεχωρίζει ως περιοχή παγκόσμιου ενδιαφέροντος και ιδιαίτερης φυσικής ομορφιάς.