Η Λίμνη Κερκίνη είναι ένα πολύτιμο οικοσύστημα με πλήθος αξιών. Οι κυριότερες είναι:

• Αντιπλημμυρική: Διαδραματίζει καίριο αντιπλημμυρικό ρόλο συγκρατώντας τα νερά του Στρυμόνα και αποτρέποντας τον κίνδυνο πλημμύρας στο χαμηλότερο τμήμα της πεδιάδας των Σερρών.
• Αδρευτική: Παρέχει νερό για άρδευση σε μεγάλο μέρος του νομού Σερρών, ο οποίος έχει έντονο γεωργικό χαρακτήρα και είναι από τους πιο παραγωγικούς της χώρας.
• Αλιευτική: Είναι από τις πλουσιότερες σε ψάρια λίμνες στην Ελλάδα και αρκετοί από τους κατοίκους των παραλίμνιων κοινοτήτων ασχολούνται με το ψάρεμα.
• Βιοποικιλότητας: Η ύπαρξη της λίμνης και της υγροτοπικής βλάστησης προσφέρει τροφή και καταφύγιο σε πολλά είδη της άγριας ζωής. Για το λόγο αυτό εντάχθηκε στον Κατάλογο Υγροτόπων Διεθνούς Σημασίας (Ραμσάρ) και προστατεύεται από άλλες διεθνείς συνθήκες.
• Εκπαιδευτική: Προσφέρεται για την άσκηση περιβαλλοντικής εκπαίδευσης τόσο για τους μαθητές του Ν.Σερρών όσο και για μαθητές από την υπόλοιπη Ελλάδα ή και από όλον τον κόσμο.
• Αναψυχής: Μπορεί να προσφέρει στον επισκέπτη ξεκούραση και γαλήνη και να αποτελέσει πόλο ανάπτυξης ήπιων οικολογικών τουριστικών δραστηριοτήτων, συνεισφέροντας έτσι και στην ενίσχυση του εισοδήματος των κατοίκων.
• Επιστημονική: Αποτελεί σπουδαίο πεδίο επιστημονικής έρευνας για τους υγροτόπους, τη διαχείρηση τους και τις ανθρωπογενείς επιδράσεις πάνω στις λειτουργίες τους, εξαιτίας της ποικιλότητας του βιολογικού της πλούτου και των δραστηριοτήτων που αναπτύσσονται στην περιοχή.