Η Λίμνη Κερκίνη έχει πλούσια βλάστηση με φυτά που επιπλέουν στην επιφάνεια του νερού (πλευστόφυτα),φυτά ριζωμένα στο βυθό τα οποία αναπτύσσονται μέσα στο νερό ή στην επιφάνεια (νούφαρα, ποταμογείτονες) και φυτά των καλαμώνων και των υγρών λιβαδιών. Η είσοδος θρεπτικών στοιχείων στη λίμνη από το Στρυμόνα ευνόησε την ανάπτυξη της βλάστησης. `Ομως η διακύμανση της στάθμης μέχρι και πέντε μέτρα κατ' έτος είχε ως αποτέλεσμα, πολλά είδη να εξαφανισθούν, μη μπορώντας να προσαρμοστούν στην αυξομείωση του βάθους του νερού. 

Οι εκτεταμένοι καλαμώνες με υγροτοπικά είδη όπως τα βούρλα και το ψαθί σχεδόν εξαφανίστηκαν. Οι υδρολογικές συνθήκες ευνόησαν την ανάπτυξη χρωματιστού τάπητα με νούφαρα στα βόρεια άκρα της λίμνης, που είναι και η μεγαλύτερη παρόμοια περιοχή σε όλη την Ελλάδα. Δυστυχώς η μεγάλη αυξομείωση της στάθμης κάθε χρονιά απειλεί να εξαφανίσει και αυτά, και να μετατρέψει την Κερκίνη σε μια απλή αποθήκη νερού.

Στο ΒΑ τμήμα της λίμνης, στις εκβολές του Στρυμόνα, υπάρχει το παραποτάμιο δάσος, που αποτελεί τον κυριότερο τόπο τροφοληψίας και φωλιάσματος πολλών σπάνιων πουλιών, καθώς και τόπο αναπαραγωγής και ανάπτυξης των ψαριών. Εώς πριν από λίγα χρόνια συναντούσαμε πολλά είδη δένδρων όπως ιτιές, άμορφα, φράξους, αρμυρίκια, κ.α., που έδιναν ιδιαίτερο χρώμα στο τοπίο. Εξαιτίας της συνεχούς κατάκλυσης, σήμερα έχουν απομείνει κυρίως ιτιές. Η έκταση του δάσους μειώθηκε από 7.000 στρέμματα το 1980 σχεδόν στο μισό και αν εξακολουθήσει να πλημμυρίζει με τον ίδιο ρυθμό κινδυνεύει να εξαφανισθεί εντελώς.

Τα γύρω βουνά Κερκίνη (Μπέλες) και Μαυροβούνι (Κρούσια) καλύπτονται από δασική βλάστηση, κυρίως οξυά στα ψηλότερα μέρη, και πολλά είδη δρυός ανάμικτα με φλαμουριές, φουντουκιές, γαύρους και άλλα φυλλοβόλα αείφυλλα θαμνώδη είδη στις χαμηλότερες περιοχές. Πολλά αγριολούλουδα κοσμούν με τα χρώματα τους τις πλαγιές των βουνών. Η προστασία της φυσικής βλάστησης από τις ανθρώπινες επεμβάσεις (λαθροϋλοτομίες, πυρκαγιές, υπερβόσκηση, εκχερσώσεις) θα εξασφαλίσει, εκτός από δασικά προϊόντα στους κατοίκους, την προστασία του εδάφους της λεκάνης απορροής από τη διάβρωση αλλά και την ποικιλότητα των φυτών και των ζώων της περιοχής.