Η Λίμνη Κερκίνη αποτελεί μια ιδιαίτερη περίπτωση υγροτόπου. Δημιουργήθηκε το 1932 με την κατασκευή φράγματος στον ρου του ποταμού Σρτυμόνα στο ύψος του χωριού Λιθότοπος. Αρχικός σκοπός της ήταν η συγκράτηση των πλημμυρικών νερών του Στρυμόνα, αλλά αργότερα χρησιμοποιήθηκε και για αποθήκευση νερού για την άρδευση του κάμπου των Σερρών. Στη θέση της προϋπήρχε ένα σύνθετο σύστημα εκτεταμένων και ρηχών υγροτόπων, που τροφοδοτούνταν από τα νερά του ποταμού.

Σήμερα η ποικιλομορφία της βλάστησης, η παρουσία εκατοντάδων ειδών πουλιών, η πλούσια ιχθυοπανίδα και τα πολλά είδη θηλαστικών, ερπετών και αμφιβίων που υπάρχουν στην περιοχή είναι η φυσική συνέχεια της ζωής που υπήρχε πριν από την κατασκευή του φράγματος. Η κατασκευή της τεχνικής λίμνης δάμασε τα νερά του Στρυμόνα, συντέλεσε στην καταπολέμηση του εφιάλτη της ελονοσίας, έδωσε ζωή στα χωράφια του κάμπου και βοήθησε τα μέγιστα στην οικονομική ανάπτυξη του νομού και στην αποκατάσταση των 85.000 προσφύγων από τη Μικρασιατική καταστροφή. Το 1982, η συνεχής μείωση της χωρητικότητας της λίμνης, λόγω των φερτών υλών που μετέφερε ο Στρυμόνας, οδήγησε στην κατασκευή νέου φράγματος που ύψωσε στη στάθμη της λίμνης.

Η Κερκίνη αποτελεί έναν από τους 11 ελληνικούς Υγροτόπους Διεθνούς Σημασίας (της σύμβασης Ραμσάρ) και μία από της 113 Σημαντικές Περιοχές για τα Πουλιά της Ελλάδας ( ΙΒΑ ). Καλύπτεται από την ευρωπαϊκή και διεθνή νομοθεσία, όπως η Οδηγία 79/409 της Ευρωπαϊκής `Ενωσης και η Διεθνής Σύμβαση της Βαρκελώνης. Επίσης αποτελεί περιοχή του Ευρωπαϊκού Δικτύου "Φύση 2000" σύμφωνα με την Οδηγία 92/43/ΕΟΚ. Το 1993 υπογράφηκε η Κοινή Υπουργική Απόφαση 66272/93 για την οριοθέτηση του υγροτόπου, η οποία προσδιορίζει τις ζώνες προστασίας του και ρυθμίζει τις δραστηριότητες σε αυτές. Παράλληλα, νομαρχιακές αποφάσεις ρυθμίζουν το κυνήγι, την αλιεία κατα την περιόδο αναπαραγωγής, και τις υλοτομίες.